"Midnight Special" mengisahkan seorang bocah delapan tahun bernama Alton (Jaeden Lieberher) yang memiliki kekuatan spesial. Ayah Alton, Roy (Michael Shannon) telah mencoba berbagai cara untuk melindungi putranya yang memiliki bakat unik tersebut. Roy dan Alton harus berusaha ke sebuah lokasi rahasia agar Alton tidak ditemukan oleh para sekte keagamaan ekstrem atau para intelegent pemerintah.